到这季开始时，X档案已是家喻户晓的科幻影集了。虽然仍被某些人认为太过偏激，但在金球奖艾美奖纷纷获得肯定。第四季仍是过去一贯的风格，但加入了许多穆德、史考莉的个人生活。在该季中，“黑油”“天花蜂”的出现使有关“真相”的调查变得更加坎坷而且扑朔迷离。另外一重大发展则是史考莉发现自己患有癌症，住院治疗，病情虽稳定住，但仍有危险。本季也介绍癌人的年轻时代，向观众交待他的历史。本季也包括了一集喜剧。本季结束于穆德在从阿拉斯加调查回来后对生命绝望，因而举枪自杀。
1949年秋天，人民解放军挺进东南，占领福建。国民党军上尉参谋罗进及其家人随败兵车队撤往沿海，途中车队遭受伏击，罗进与妻子刘小凤和出生不久的女儿于战场失散。伏击车队的解放军连长杜荣林下令把战场上拾到的女婴送附近农家收养。后来，他收养了这个女婴。杜荣林一直坚守于海防前线。剿匪期间，他负重伤，与医生秦秀珍产生感情并结婚，那个年代特殊的生活经历使杜荣林和养女杜山感情深厚。后来，杜荣林重返海防部队，杜山考上大学，杜家重现生机。其间杜荣林一直搜寻罗进，想搞清楚其与自己家庭的种种缘由，但是一再失之交臂。改革开放时期，随着两岸关系的发展，罗进父子以台商身份到大陆投资，罗进最终了却心愿认女。杜荣林经受认女冲击和家庭变故，却襟怀宽大入情入理。部队整编后，杜荣林解甲归田离休，住进干休所，他关注海峡，至死不渝。
女主角夏米天生体质特殊，在偶遇来自另类空间的少女乐悠后，原本平静的生活开始了翻天覆地的变化。为了尽快摆脱乐悠的纠缠，夏米答应帮乐悠找回在这个空间失去的记忆。整个过程中，夏米与当红男明星柯瑞宇、校草林浩相识相交而引发情感纠葛，而乐悠的开朗向上深深的影响了夏米，夏米最终勇敢的奔向幸福。与此同时，两个不同空间的女孩从互相排斥到惺惺相惜却不得不接受命运的分离。
该剧讲述一名前射击运动员，因为生活所迫不得不选择成为一名狙击手，然而当他得知自己的第一个狙击对象居然是前女友的姐姐时，事情变得更加复杂了，他的内心陷入天人交战，是杀她还是救她？他知道这一次将用生命来做赌注。
《夫妻的春节》讲述了女主人公陆遥在多年婚姻中无私付出，但长年被忽视、被安排、被通知，使得她理性思考正视这段不对等的婚姻关系，重新找寻自我的故事。
