到这季开始时，X档案已是家喻户晓的科幻影集了。虽然仍被某些人认为太过偏激，但在金球奖艾美奖纷纷获得肯定。第四季仍是过去一贯的风格，但加入了许多穆德、史考莉的个人生活。在该季中，“黑油”“天花蜂”的出现使有关“真相”的调查变得更加坎坷而且扑朔迷离。另外一重大发展则是史考莉发现自己患有癌症，住院治疗，病情虽稳定住，但仍有危险。本季也介绍癌人的年轻时代，向观众交待他的历史。本季也包括了一集喜剧。本季结束于穆德在从阿拉斯加调查回来后对生命绝望，因而举枪自杀。
上世纪六十年代，在“黑云压城城欲摧”的国际形势下，毛主席一声号令：好人好马上三线！ 军人后代张利军、农民的儿子马朝阳、“资本家千金”陆若文和留苏归来的向晴等这些充满斗志和激情的年轻人，来到了大西南的崇山峻岭，用生命和青春实践自己的理想同时，又演绎着牵肠挂肚的爱情角逐。张利军一直爱慕陆若文，但陆若文因为战友加闺蜜向晴非张利军不嫁，便与殷勤周到、但城府颇深的梁玉强结婚了。就在张利军慢慢接受向晴并准备结婚时，向晴却在爆炸事故中牺牲了。梁玉强和“出身不好”的陆若文离了婚，张利军和陆若文在经过无数坎坷经历后，终于举行了婚礼。改革开放后，张利军任军工厂长，马朝阳任航天科技研究院院长。高占武被查出胃癌，但仍然驻守在设计室和车间。陆若文、马朝阳、张利军、向晴、高占武他们在一片荒山野地，写下了中国国防工业建设辉煌的篇章。他们是斗士，把青春、爱情、终身以及他们的子孙奉献给了三线，却寂静得象无人问津的山谷。
曾是恋爱脑的林青春，第一次的人生太过失败，被恋爱七年的未婚夫和闺蜜联手算计，导致人房两失，却也意外让她开启二次人生。这一世拥有“预知”能力的她，暗暗立下“努力搬砖，才能买钻；远离风花，不会被耍”的人生目标。交友从不看家世背景的江楚恒，眼看林青春为了踢走前任、手撕绿茶，化身采茶战士，不由自主地屡屡伸出援手。命运让他们相遇，这次专注事业的林青春是否能收获新的爱情？
