到这季开始时，X档案已是家喻户晓的科幻影集了。虽然仍被某些人认为太过偏激，但在金球奖艾美奖纷纷获得肯定。第四季仍是过去一贯的风格，但加入了许多穆德、史考莉的个人生活。在该季中，“黑油”“天花蜂”的出现使有关“真相”的调查变得更加坎坷而且扑朔迷离。另外一重大发展则是史考莉发现自己患有癌症，住院治疗，病情虽稳定住，但仍有危险。本季也介绍癌人的年轻时代，向观众交待他的历史。本季也包括了一集喜剧。本季结束于穆德在从阿拉斯加调查回来后对生命绝望，因而举枪自杀。
故事讲述的是千年前，三界大战，青帝之子青泽为解救人间跳下诸仙台，其灵魂化为无数碎片，飘落大地。其弟紫苏为复活哥哥，不顾天罚，身中千根透骨钉，终到人间。紫苏以香为媒，搜集青泽的灵魂碎片，并在一次人间战乱中，救下奄奄一息的辛夷，收为奴仆，使其成为碎片的容器。两人开了一间香铺，取名承香苑。拥有碎片的人会被引到这里，紫苏则以交换碎片为条件，满足求香者的愿望。从而经历了一次又一次跌宕起伏的爱情故事和惊心动魄的圆梦之旅。但与此同时，化身国师的反派暴徒玄冥与饮香成性的食香兽花玲儿暗中联手，机关算尽，一心破坏紫苏计划，拖延青泽复活，妄图毁灭人间。
当英格丽德扣动扳机时，受害者们并不知道是谁开枪打死了他们。她潜入水中并消失得无影无踪的本领使她成为一名冷酷无情的职业杀手。但这份力量来自另一个世界，一个居住着怪异生物的世界，而她每次从那里出现都显得愈发不像人类。英格丽德接到梅尔维尔的委托，梅尔维尔是一名走私犯，他利用港口贩卖奇异的商品，眼看就要失去一切。一位实力雄厚的竞争对手来到这座城市，准备控制港口。他藏身于一栋满是保镖和武装保镖的大楼里。杀死他是只有英格丽德才能胜任的任务。当梅尔维尔发现英格丽德的秘密时，一切都改变了：她与大海的神秘联系，以及她使她成为最珍贵商品的本性。
高若彤是高元通的掌上明珠，热衷摄影艺术。堂兄高锦鸿对家族企业却虎视眈眈。锦鸿一直是元通的助手，元通视锦鸿如亲子般无微不至的照顾，可锦鸿却毫不领情，一心想掌控高氏集团，占为己有。但他却被高若彤的单纯善良所吸引，直至渐渐沉沦，无法自拔。一边是权力，一边是美人，且看他如何选择。是选择江山放弃美人，是选择美人而放弃江山，还是与美人携手，看云卷云舒。
