到这季开始时，X档案已是家喻户晓的科幻影集了。虽然仍被某些人认为太过偏激，但在金球奖艾美奖纷纷获得肯定。第四季仍是过去一贯的风格，但加入了许多穆德、史考莉的个人生活。在该季中，“黑油”“天花蜂”的出现使有关“真相”的调查变得更加坎坷而且扑朔迷离。另外一重大发展则是史考莉发现自己患有癌症，住院治疗，病情虽稳定住，但仍有危险。本季也介绍癌人的年轻时代，向观众交待他的历史。本季也包括了一集喜剧。本季结束于穆德在从阿拉斯加调查回来后对生命绝望，因而举枪自杀。
有“警察中的警察”之称的监察官，职责是管制警察内部的一切不正之风，是警察最忌讳的职务。其中，有一名监察官，不仅是警察，连事件调查也作为监察对象。这个人就是“被讨厌的监察官”音无一六（小日向文世饰）。在警视厅警务部部长千住辽子（田中美佐子饰）的指示下，音无一六坚持自己的正义，无论如何被人讨厌也要尽好自己的职责，以敏锐的观察力，挑战无数的疑难案件。
前世之因，后世之果，叶隐的穿越前世之旅还在继续。为了改变丁阳的前世宿命，叶隐回到明朝，又一次参与了锦衣卫田敦艮的悲情故事。而寻爱千年的亚隆终在现代和叶隐相逢，但等待他们的却是不可知的宿命安排。前世茶馆也迎来了最后一位意料之外的委托人，谜底终将在遥远的天界揭开，三人之间纠缠万年的情缘也到了了断的时候。一切，是宿命的终结，也是宿命的开始。
徐文修（邱心志 饰）生于织锦世家，受父母之命，他娶了田菊芳（潘仪君 饰）为妻。徐文修心思细腻，处处追求完美，而田菊芳的脸上却有一块烫伤的疤痕令他久久不能释怀。随着时间的推移，田菊芳所展现出的温柔和善良渐渐吸引了徐文修，使得后者抛开了对其样貌的成见，真心的爱上了田菊芳。徐文修曾经和江南名角金如兰（何苗 饰）有过一段浪漫情史，机缘巧合之下，金如兰亦嫁进了徐家，却因其戏子的身份遭到了婆婆（潘虹 饰）的厌恶。倔强高傲的金如兰无法忍受田菊芳的存在，设计终将她撵走，与此同时，梁秉文（沈晓海 饰）深爱着田菊芳，而他和徐家亦有一段不可忘却的深仇大恨。
前海豹突击队员凯西·达顿离开黄石牧场，加入美国法警队，利用他的牛仔和军事技能在蒙大拿州打击犯罪，同时还要处理家庭关系和执法工作带来的精神压力。
