到这季开始时，X档案已是家喻户晓的科幻影集了。虽然仍被某些人认为太过偏激，但在金球奖艾美奖纷纷获得肯定。第四季仍是过去一贯的风格，但加入了许多穆德、史考莉的个人生活。在该季中，“黑油”“天花蜂”的出现使有关“真相”的调查变得更加坎坷而且扑朔迷离。另外一重大发展则是史考莉发现自己患有癌症，住院治疗，病情虽稳定住，但仍有危险。本季也介绍癌人的年轻时代，向观众交待他的历史。本季也包括了一集喜剧。本季结束于穆德在从阿拉斯加调查回来后对生命绝望，因而举枪自杀。
1993年，特技演员烈风（方中信 饰）与女友贺千惠（萱萱 饰）、好友凌克洋（林保怡 饰）前往西安旅游，却意外地在古墓中见到了幼年时的救命恩人步荆红（王菲 饰），他震惊于步荆红20年如一日的容貌并展开了调查。原来步荆红是秦朝时获得长生不老药的舞姬胭脂，孤独千年，只为寻找变 回正常人的秘方，而她不知的是，同样获得了不死之身的秦将军嬴战（单立文 饰）一直都在追寻她的下落。烈风在寻找真相的同时渐渐爱上了步荆红，而荆红却一再压抑，拒绝感情。命运交织，改名为盛世秦的嬴战终于找到了荆红，而他依然不改残暴本性，祸害人间，想尽办法拆散烈风与荆红，并且还想彻底破坏荆红成为普通人的愿望。
宇文峰（郑少秋 饰）出身武当，勤学苦练，身手了得，学成下山后，宇文峰受到了当时最大的兵器工厂唐门的赏识，门主更是将女儿唐碧（汪明荃 饰）许配他。哪知道唐门突遭不幸，被诬陷勾结外族，落得满门抄斩的下场，而宇文峰则被打入大牢，即将问斩。太监张诚（陈鸿烈 饰）欣赏宇文峰的身手为人，以替他卖命作为条件，救下了宇文峰。
吴忧领证当天因为车祸放了男友鸽子，男友分手出国，吴忧伤心寄情工作，却与“大魔王”何西亚擦出火花，两人斗智斗勇成为欢喜冤家，吴忧发现他竟然是自己遭遇车祸时的救命恩人，勇敢追爱。
该剧改编自同名网漫，讲述因为太在意周围人的眼光而无法诚实表达自己的想法的女高中生宋雨妍，领悟心脏怦怦跳的感觉，自己大声说出爱之后世界会发生什么变化的故事。
