到这季开始时，X档案已是家喻户晓的科幻影集了。虽然仍被某些人认为太过偏激，但在金球奖艾美奖纷纷获得肯定。第四季仍是过去一贯的风格，但加入了许多穆德、史考莉的个人生活。在该季中，“黑油”“天花蜂”的出现使有关“真相”的调查变得更加坎坷而且扑朔迷离。另外一重大发展则是史考莉发现自己患有癌症，住院治疗，病情虽稳定住，但仍有危险。本季也介绍癌人的年轻时代，向观众交待他的历史。本季也包括了一集喜剧。本季结束于穆德在从阿拉斯加调查回来后对生命绝望，因而举枪自杀。
家国命运的战争乱流中，不同的人秉持着各自的信念做出迥异的选择，同时承受由此引发的不同的命运。毕业于黄埔军校现为国民党军医的彭天戈（高云翔 饰），坚定着救死扶伤的信念穿梭于枪林弹雨的危险战场。然而他那担任51师参谋长的父亲彭振山（张铁林 饰）战败投降，投敌卖国，却让天戈的命运发生转变。在此之后，他放下救人的手术刀，经过抗日锄奸团火麒麟的训练成为一名令人闻风丧胆的冷血杀手。在这一过程中，天戈与共产党谍报人员宋卓凝（吕夏 饰）、上海滩第一杀手杜善起（吕行 饰）、昔日战友兼恋人柳沉雪（战菁一 饰）产生交集和碰撞。
