到这季开始时，X档案已是家喻户晓的科幻影集了。虽然仍被某些人认为太过偏激，但在金球奖艾美奖纷纷获得肯定。第四季仍是过去一贯的风格，但加入了许多穆德、史考莉的个人生活。在该季中，“黑油”“天花蜂”的出现使有关“真相”的调查变得更加坎坷而且扑朔迷离。另外一重大发展则是史考莉发现自己患有癌症，住院治疗，病情虽稳定住，但仍有危险。本季也介绍癌人的年轻时代，向观众交待他的历史。本季也包括了一集喜剧。本季结束于穆德在从阿拉斯加调查回来后对生命绝望，因而举枪自杀。
日寇即将进入砚石镇前，镇长周大马安排子女和三姨太撤退，自己则留下来拼死抵抗日寇。周大马把一份金矿的地图分成四份给自己的孩子和三姨太一人一份，意图使他们能够互相扶持共度难关。不想，这些人在撤退途中遭遇炸弹，二女儿周天被当场炸死，其余人则走散。
