咖宝指挥官田小咖迎来了像水晶一样灵巧又聪明的水晶咖宝伙伴，同时，升级水晶能量的老咖宝伙伴也再次登场。动物们的安全受到盗猎者、黑心摄影师、非法活动策划者、走私团伙等坏人的威胁，自然环境也因为人类的种种不当行为而受到破坏，捣蛋家族和黑心外星人利用各种手段作恶，城市里还发生着各种各样的危机，小咖和咖宝凭着仁爱和正义的精神，利用勇气、策略和神奇力量，一次又一次战胜困难，消除危机，大家齐心协力，一起帮助动物、大自然和更多的人，持续为身边的世界传播正能量。
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这里是某中学的理科室————。科学部部长上野，是恋慕着部内学弟田中的恋爱少女。她使用天才过头的异想天开发明品，采取各种手段试图吸引田中的注意。一年级的部员山下也以沉着冷静的辅助来支援上野！上野的恋情究竟能否成功！？
