咖宝指挥官田小咖迎来了像水晶一样灵巧又聪明的水晶咖宝伙伴，同时，升级水晶能量的老咖宝伙伴也再次登场。动物们的安全受到盗猎者、黑心摄影师、非法活动策划者、走私团伙等坏人的威胁，自然环境也因为人类的种种不当行为而受到破坏，捣蛋家族和黑心外星人利用各种手段作恶，城市里还发生着各种各样的危机，小咖和咖宝凭着仁爱和正义的精神，利用勇气、策略和神奇力量，一次又一次战胜困难，消除危机，大家齐心协力，一起帮助动物、大自然和更多的人，持续为身边的世界传播正能量。
机智勇敢的龙宝们与邪恶大魔王展开了一段惊险刺激对抗，经历重重关卡解救了被愤怒烟雾控制的恐恐小镇居民们。
“我与你一同飞向天空。”甘粕桧曾根，是最近开始在航空自卫队岐阜基地任职的新人。过于率直而总是无意识地伤害他人，对此感到疲惫不堪的她，选择成为任期限定的自卫官。但，命运的邂逅彻底改变了她的人生。被秘藏在基地中、伪装成战斗机的龙选中了桧曾根，并和她一起飞向天空。就这样，搭乘“OTF（变态飞翔生命体）”的飞行要员，成为了桧曾根的工作。甚至能左右国家命运的龙，究竟隐藏着怎样的秘密呢……。
第二部剧情自力石死后矢吹丈终于东山再起开始，到原作的最后与孟德萨拉之战中，矢吹丈“化为白色的灰烬”结束
