咖宝指挥官田小咖迎来了像水晶一样灵巧又聪明的水晶咖宝伙伴，同时，升级水晶能量的老咖宝伙伴也再次登场。动物们的安全受到盗猎者、黑心摄影师、非法活动策划者、走私团伙等坏人的威胁，自然环境也因为人类的种种不当行为而受到破坏，捣蛋家族和黑心外星人利用各种手段作恶，城市里还发生着各种各样的危机，小咖和咖宝凭着仁爱和正义的精神，利用勇气、策略和神奇力量，一次又一次战胜困难，消除危机，大家齐心协力，一起帮助动物、大自然和更多的人，持续为身边的世界传播正能量。
喜欢收集蜗牛的女孩格蕾丝（莎拉·斯努克 Sarah Snook 配音）在被迫与双胞胎吉尔伯特（柯蒂·斯密特-麦菲 Kodi Smit-McPhee 配音）分开后，结识了古怪的老奶奶萍奇（杰基·韦佛 Jacki Weaver 配音），逐渐找到新的希望和快乐。
亚历克斯被误认为是一只缅因猫，并在顶层公寓里接管了它的生活。
马天与邪恶李博士合作，企图发明可怕传染病毒和疫苗来大赚黑心钱，未料在一次运输意外中将未成熟的病毒扩散在城市里，此阶段的病毒会选择有犯罪基因的人做为宿主，并变异人类基因成为暴恶兽人-欧克瑟。另一方面，科学家柯国龙利用大自然的四元素（火、水、气、土）能量，发明了四套超级铠甲（火焰铠甲拿瓦、海啸铠甲茨纳米、旋风铠甲驭拏多、晶钢铠甲酷雷伏），只有自然的四元素能量能消灭反自然病毒的黒能量。随着对欲望的走火入魔以及对暴恶兽人欧克瑟研究的进展，马天有了建立欧克瑟世界的疯狂念头；所幸，以端木燕为首的一群热血青年开始介入欧克瑟案件，成功阻止马天的计划。端木燕、马阔海、萧风、柯胜、马灵灵等青年一方面以科学推理的侦探精神协助警方将欧克瑟案件侦破，另一方面即利用超级铠甲的自然能量给予违反自然的可怕欧克瑟迎头痛击。
失明教师叶黎三年前穿越异界，获得最强名师系统，原本想教导山村孩童，却不知学生全是山间精怪，他的课程蕴含特殊能量能为精怪洗髓伐骨提升天赋，在不知情的状态下将一众精怪培养成实力强大的妖神级存在，学生们纷纷成为各族继承人和领袖，成为各方势力拉拢的对象和年轻一代的榜样，真正实现了“满山精怪全成妖神”的传奇。
