咖宝指挥官田小咖迎来了像水晶一样灵巧又聪明的水晶咖宝伙伴，同时，升级水晶能量的老咖宝伙伴也再次登场。动物们的安全受到盗猎者、黑心摄影师、非法活动策划者、走私团伙等坏人的威胁，自然环境也因为人类的种种不当行为而受到破坏，捣蛋家族和黑心外星人利用各种手段作恶，城市里还发生着各种各样的危机，小咖和咖宝凭着仁爱和正义的精神，利用勇气、策略和神奇力量，一次又一次战胜困难，消除危机，大家齐心协力，一起帮助动物、大自然和更多的人，持续为身边的世界传播正能量。
升上高中二年级的香澄等Poppin'Party成员，不论是在学生会还是在家帮忙，不论是补习还是打工都十分繁忙。五人在一起的时间逐渐减少，在作为据点的仓库也难以集合。在这样的她们身边，出现了一位少女——。全新的邂逅。不变的羁绊。Afterglow、Pastel＊Palettes、Roselia、Hello、Happy World！也陆续登场，个性丰富的乐团成员们，在闪耀而令人心动的舞台上引人陶醉！“还想要和大家一起举办Live”，音乐梦想如今开始奔跑！
故事进入新阶段——在《POP IN 2》发行六个月后。在MEMcho的努力下，B Komachi即将迎来事业的突破。Aqua是一位多才多艺的女性，Akane也正稳步朝着成为一名优秀演员的目标迈进。与此同时，Kana失去了往日的开朗。而Ruby为了追查Ai和Goro死亡的真相，在娱乐圈崭露头角——她以谎言为武器。
