咖宝指挥官田小咖迎来了像水晶一样灵巧又聪明的水晶咖宝伙伴，同时，升级水晶能量的老咖宝伙伴也再次登场。动物们的安全受到盗猎者、黑心摄影师、非法活动策划者、走私团伙等坏人的威胁，自然环境也因为人类的种种不当行为而受到破坏，捣蛋家族和黑心外星人利用各种手段作恶，城市里还发生着各种各样的危机，小咖和咖宝凭着仁爱和正义的精神，利用勇气、策略和神奇力量，一次又一次战胜困难，消除危机，大家齐心协力，一起帮助动物、大自然和更多的人，持续为身边的世界传播正能量。
由人类思想和情感产生的“电子脉冲”被用作人工智能辅助装置“Sapotama”的能量来源。在这一惊人发展的阴影下，出现了可怕的怪物。数码兽是通过消耗电子脉冲进化的生物。天马智郎在与突然从他的Sapotama中出现的月光兽相遇后，经历了一段非同寻常的经历。在与泽城京以及赏金猎人小队“黄金黎明”的其他成员一起生活期间，智郎重新下定了决心。人类和数码兽将创造出怎样的未来？
这个世界里，人类被视为劣等种。冒险者小队「种族会」中负责扛行李的人类少年‧莱特，在世界最凶险的迷宫「奈落」深处遭伙伴放逐，甚至想取他性命。为了在「奈落」活下去，莱特自暴自弃地用了唯一的技能《无限扭蛋》，结果竟召唤出强大无比、「等级9999」的伙伴们──！之后过了三年，莱特自己也升到了等级9999。带着对自己忠心耿耿又怀有好感的美少女们（而且所有人都是等级9999），他以压倒性的力量开始进军地上!!
