继《迪迦奥特曼剧场版:最终圣战》的故事时间之后火星移民计划启动，人类纷纷登陆火星和其他领域。新的GUTS——SUPER GUTS成立了，并替代了原GUTS。 转眼间7年过去了，人类取得了巨大的突破，开始了对多种未知世界的开拓。地球人怀着单纯的憧憬以及无限的探求心，向太空进发，人们将此称为新领域的时代。但与此同时，一些新的可怕力量也都苏醒过来。 本作的主人公飞鸟信，是在光中消失的宇航飞行员飞鸟一马的儿子。当时的飞鸟信还和他的父亲约定回来看他打棒球，在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。
鬼魅肆虐的现代世界，陈莽意外觉醒阴阳双卦系统，阳卦封禁，唯有修行阴卦之力。害死原主的蛇精暗中作祟，末班列车遇妖鬼屠戮，同伴尽数陨落，他濒死获救。为复仇寻真相，结伴闯荡世间，闯邪阵、战鬼王、搅乱鬼域纷争，借阴卦之力杀伐斩邪，在惊悚鬼界逆势崛起，踏碎无边黑暗。
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故事进入新阶段——在《POP IN 2》发行六个月后。在MEMcho的努力下，B Komachi即将迎来事业的突破。Aqua是一位多才多艺的女性，Akane也正稳步朝着成为一名优秀演员的目标迈进。与此同时，Kana失去了往日的开朗。而Ruby为了追查Ai和Goro死亡的真相，在娱乐圈崭露头角——她以谎言为武器。
万族共治的世界，人族修士楚休自带系统，获得荒古圣体，有着强烈的叛逆精神，虽上一世被强者追杀最终自爆身亡，这一世的楚休成为了太素圣地云霞峰的弟子，他的师尊曾是前世追杀自己的仇人之一，这一世早已放下与师尊的上辈子之仇，他决定“苟”起来，偷偷发育。一步步登上人族顶峰，成为至强者。
异世界降临，无数怪物穿过裂缝，席卷人类城市，人类迎来末日危机！自此，人类进入全民转职时代，各国以培养职业强者，争夺异世界攻略排名为荣！当沉睡百万年的龙国第一王者，带着百万年的挂机资源复苏之时。异世界的BOSS颤抖。全球各国T0级职业强者，纷纷贡献膝盖。
三剑客成功拯救完水果世界后，由于在花果山大合唱庆祝胜利造成第七层的崩塌，直接伤害到七色彩莲。为求保住彩莲，东方求败被外人蛊惑利用，接受了人类世界的忍术和其他技术去抢救彩莲，但同时也成为了拐带水果们的帮凶。方丈与果姥上山探望东方求败，无意间看出当中端倪，东方求败有灭口之意。三剑客赶到之时，方丈与果姥为保存实力，不单一个装疯扮傻，一个诈死，还出狠招将三剑客打落悬崖，并且疯言疯语，让众人误会三剑客，促使三剑客再无立足之地，必须远走他乡，从而避开东方求败的迫害。
