继《迪迦奥特曼剧场版:最终圣战》的故事时间之后火星移民计划启动，人类纷纷登陆火星和其他领域。新的GUTS——SUPER GUTS成立了，并替代了原GUTS。 转眼间7年过去了，人类取得了巨大的突破，开始了对多种未知世界的开拓。地球人怀着单纯的憧憬以及无限的探求心，向太空进发，人们将此称为新领域的时代。但与此同时，一些新的可怕力量也都苏醒过来。 本作的主人公飞鸟信，是在光中消失的宇航飞行员飞鸟一马的儿子。当时的飞鸟信还和他的父亲约定回来看他打棒球，在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。
海宝是彩虹城的守护者，是帮助人类的精灵，有超能力，能够解救人类，看上去憨厚可爱，实则大智若愚。有一天，玩偶星球派来了破坏者丑丑，作为彩虹城的守护者，海宝与丑丑展开了战斗，这是故事中一对主要的冲突角色。但丑丑并不是简单的反面形象，他来自外星球，那个星球因为发展模式出现了问题遭遇了困境。玩偶星球的生物已经丢失去了原本所具有的真情实感，但丑丑的内心中藏有美好的东西，因此，最终被海宝和彩虹城的人们感化。
进入21世纪，世界各地灾难频发，更有各种空想怪物惊现世间，引出无数的灾难，而人类文明也面临覆灭的危险。在这个关键时刻，DASH小组的热血青年男女站在人类的最前端，以他们微弱的力量包围着地球。充满正义感的青年东马快斗（青山草太 饰）志愿加入DASH，可是却未能通过相关测验。某天，两只怪兽现身日本，并相互缠斗。危难当前，地球人得到来自M798星云的正义使者麦克斯奥特曼的帮助。新世纪的正义与邪恶的战争由此拉开序幕……
