继《迪迦奥特曼剧场版:最终圣战》的故事时间之后火星移民计划启动，人类纷纷登陆火星和其他领域。新的GUTS——SUPER GUTS成立了，并替代了原GUTS。 转眼间7年过去了，人类取得了巨大的突破，开始了对多种未知世界的开拓。地球人怀着单纯的憧憬以及无限的探求心，向太空进发，人们将此称为新领域的时代。但与此同时，一些新的可怕力量也都苏醒过来。 本作的主人公飞鸟信，是在光中消失的宇航飞行员飞鸟一马的儿子。当时的飞鸟信还和他的父亲约定回来看他打棒球，在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。
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少女们投身战斗 为了重要的同伴！一直在相互争斗、来自5个异世界的来访者「Z/X」缔结了休战条约，人类因此回避了灭亡的危机。主人公·各务原安昙接受青之世界的命令，与成为其搭档的Z/X·利盖尔一同前往新设的女子学校「富士御崎学园」。在这所学园中，她们究竟会遭逢怎样的「命运」？
公元607年，当朝皇帝残暴无道、民不聊生，正值最黑暗的时代。
