继《迪迦奥特曼剧场版:最终圣战》的故事时间之后火星移民计划启动，人类纷纷登陆火星和其他领域。新的GUTS——SUPER GUTS成立了，并替代了原GUTS。 转眼间7年过去了，人类取得了巨大的突破，开始了对多种未知世界的开拓。地球人怀着单纯的憧憬以及无限的探求心，向太空进发，人们将此称为新领域的时代。但与此同时，一些新的可怕力量也都苏醒过来。 本作的主人公飞鸟信，是在光中消失的宇航飞行员飞鸟一马的儿子。当时的飞鸟信还和他的父亲约定回来看他打棒球，在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。
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一个特殊的科学实验，一场奇妙的异时空探险。君常笑带着系统来到了星陨大陆，继承了个默默无名的小门派。他必须在一百年内将宗门建设成星陨大陆NO.1，收徒达到十万，若是完不成，系统自爆连带他也会跟着玩完。为了苟命，为了安全地回到原来的时空。他积极地“开宗立派”，教习收徒。帮派从他一个“光杆司令”，慢慢涨到百人。大家在君常笑的带领下，盖房种地，抓鸡找狗，还要维护一方安宁随时随地锄强扶弱。 宗门里的徒弟们性格迥异，逗比的君常笑和大家打成一片，温馨的大家庭里欢乐无限。大家在活泼积极的氛围里，相互扶持，快速成长。 宗门养成任重而道远，君常笑带着众弟子上下而求索.....
佐久间凛子是在芥边侦探社工作的女大学生。她的雇主阿久田边发现了她的才能，当她作为他的助手满足他的要求时，她了解到了阿久田边作为“魔鬼侦探”的秘密一面。
更衣小夜是私立三荆学园的高中二年级学生，虽然平常和同学们一起过着普通的学园生活。但是另一方面，她还要接受父亲的命令完成某项“任务”。那就是狩猎被称为“古物”，拥有远超过人类力量，并且以人类为食的东西。小夜作为唯一可以打到“古物”的人，为了守护他人、为了自己最喜欢的父亲，使用浮岛神社传承下来的御神刀独自战斗着。
