继《迪迦奥特曼剧场版:最终圣战》的故事时间之后火星移民计划启动，人类纷纷登陆火星和其他领域。新的GUTS——SUPER GUTS成立了，并替代了原GUTS。 转眼间7年过去了，人类取得了巨大的突破，开始了对多种未知世界的开拓。地球人怀着单纯的憧憬以及无限的探求心，向太空进发，人们将此称为新领域的时代。但与此同时，一些新的可怕力量也都苏醒过来。 本作的主人公飞鸟信，是在光中消失的宇航飞行员飞鸟一马的儿子。当时的飞鸟信还和他的父亲约定回来看他打棒球，在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。
海宝是彩虹城的守护者，是帮助人类的精灵，有超能力，能够解救人类，看上去憨厚可爱，实则大智若愚。有一天，玩偶星球派来了破坏者丑丑，作为彩虹城的守护者，海宝与丑丑展开了战斗，这是故事中一对主要的冲突角色。但丑丑并不是简单的反面形象，他来自外星球，那个星球因为发展模式出现了问题遭遇了困境。玩偶星球的生物已经丢失去了原本所具有的真情实感，但丑丑的内心中藏有美好的东西，因此，最终被海宝和彩虹城的人们感化。
作为侯爵家的四子诞生的少年范恩自幼便被称为神童，备受期待。8岁时，他获得了被认为是毫无用处的「生产系魔术」。因此，他被父亲认为不配作为贵族，并遭到家族流放。因此，范恩被父亲认为不适合作为贵族，并被贴上失格的标签，随后被逐出家门。之后，范恩成为了一个无名边境村的领主，然而这个看似没用的生产系魔术，其实只要有材料就能生产任何东西，潜力惊人。在范恩的带领下，原本贫瘠的小村庄逐渐吸引各方人士，最终发展成为一座巨大的都市。
