这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。在结束了在成都地区的旅行后 小智只带上了他最先获得的神奇宝贝——皮卡丘 来到了芳缘地方。但是在到芳缘地方的途中，皮卡丘被火箭队的攻击变得异常奇怪...在AG中，小智和新加入的女主角——小遥，永远支持着小智的小刚，以及小遥的弟弟小胜，一起在芳缘地方，以及到对战开拓区旅行
阴、阳离子光球被一支神秘的狼族小队盗走，危机的矛头直指古古怪界。羊狼们追到古古怪界，发现潇洒哥与黑大帅也被抓去古古怪界之下的地心世界。为救双蛋，羊狼们义无反顾地向着地心世界出发。在地心世界的层层冒险中，羊狼们结识不同的探险者，对抗未知的怪物，闯过神秘的险境。经历无数次明争暗斗，羊狼们击败狼族小队救下双蛋，同时也揭穿了黑心皮蛋加工场的阴谋……
