这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。在结束了在成都地区的旅行后 小智只带上了他最先获得的神奇宝贝——皮卡丘 来到了芳缘地方。但是在到芳缘地方的途中，皮卡丘被火箭队的攻击变得异常奇怪...在AG中，小智和新加入的女主角——小遥，永远支持着小智的小刚，以及小遥的弟弟小胜，一起在芳缘地方，以及到对战开拓区旅行
诡秘复苏，魑魅横行，人间沦为尸山血海，唯有身具图案者能觉醒为神纹师，成为乱世微光。白血病者化白翼天使，湿疹患者成河流之主，过肩黑龙纹者臂覆龙鳞、一拳震山。正道家族出身的秦绝重回灾变前一日，他违逆祖宗遗训，在身躯刻下禁忌神纹——前胸奈何桥连通地府，牛头马面驱亡魂，十殿阎罗、酆都大帝坐镇；后背四大天使垂眸而立，圣洁威严。身负天堂地府的秦夏，誓要以禁忌之姿，杀穿这病入膏肓的世界！
故事以主角的第一人称进行，“我”（浅沼晋太郎 配音）是京都大学的一名三年级生，原本期待着有一个玫瑰色多姿多彩的大学生活，希望自己能交上飘逸黑长发的漂亮女朋友。然而事与愿违，主人公经历了一场失败的恋爱，身边的朋友也少得可怜。主人公唯一的朋友小津（吉野裕行 配音），长相像一只妖怪，以捉弄情侣为乐。主人公常常唾弃小津，却离不开他。随后主人公认识了师妹明石（坂本真绫 配音），她是个性格冷淡的黑发少女。正是因为自己当初选择了网球部，才导致大学两年如此失败，于是“我”假想如果自己入学时选择了另外一个社团，会不会经历另外一种截然不同的大学生活呢？本作从平行时空的角度，围绕着主人公重新从大一新生选择社团开始，选择了各种各样不同社团，发展出不一样的青春故事。
