这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。在结束了在成都地区的旅行后 小智只带上了他最先获得的神奇宝贝——皮卡丘 来到了芳缘地方。但是在到芳缘地方的途中，皮卡丘被火箭队的攻击变得异常奇怪...在AG中，小智和新加入的女主角——小遥，永远支持着小智的小刚，以及小遥的弟弟小胜，一起在芳缘地方，以及到对战开拓区旅行
由人类思想和情感产生的“电子脉冲”被用作人工智能辅助装置“Sapotama”的能量来源。在这一惊人发展的阴影下，出现了可怕的怪物。数码兽是通过消耗电子脉冲进化的生物。天马智郎在与突然从他的Sapotama中出现的月光兽相遇后，经历了一段非同寻常的经历。在与泽城京以及赏金猎人小队“黄金黎明”的其他成员一起生活期间，智郎重新下定了决心。人类和数码兽将创造出怎样的未来？
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“我与你一同飞向天空。”甘粕桧曾根，是最近开始在航空自卫队岐阜基地任职的新人。过于率直而总是无意识地伤害他人，对此感到疲惫不堪的她，选择成为任期限定的自卫官。但，命运的邂逅彻底改变了她的人生。被秘藏在基地中、伪装成战斗机的龙选中了桧曾根，并和她一起飞向天空。就这样，搭乘“OTF（变态飞翔生命体）”的飞行要员，成为了桧曾根的工作。甚至能左右国家命运的龙，究竟隐藏着怎样的秘密呢……。
