这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。在结束了在成都地区的旅行后 小智只带上了他最先获得的神奇宝贝——皮卡丘 来到了芳缘地方。但是在到芳缘地方的途中，皮卡丘被火箭队的攻击变得异常奇怪...在AG中，小智和新加入的女主角——小遥，永远支持着小智的小刚，以及小遥的弟弟小胜，一起在芳缘地方，以及到对战开拓区旅行
怪兽世界的侦探多罗邀请原作主角、怪兽猎人麻衣剑野参加武术大会，以选出下一任怪兽首相。然而，麻衣对此毫无兴趣，因为她从未经历过这样的事。麻衣的妹妹光一直在旁观，于是她介入了。于是多罗奉承光，试图让她以麻衣剑野二号的身份参加武术大会。与此同时，在世界的某个角落，怪兽们正密谋改造一个男孩，控制人类世界……
风浩完成了三年前的约定，打败了韵影，名声大噪。但危机还在靠近，暗影魔教伺机而动，...
