这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。在结束了在成都地区的旅行后 小智只带上了他最先获得的神奇宝贝——皮卡丘 来到了芳缘地方。但是在到芳缘地方的途中，皮卡丘被火箭队的攻击变得异常奇怪...在AG中，小智和新加入的女主角——小遥，永远支持着小智的小刚，以及小遥的弟弟小胜，一起在芳缘地方，以及到对战开拓区旅行
地狱君王再踏征途集神器，遇最强对手进入终极较量！古武者重回人间的通道被打开，新势力不断出现，人间看似平静，实则暗流涌动。张玄收到来自高人的指引，唯有集齐自上古时期流传下来的六大神器，才能彻底解决古武者。
特别喜欢游戏和金平糖的高中生白柳启，有一天，被一个自称是魅音的神秘女子卷入了战场。 魅音对聚集起来的人们说：“你们已经没有户籍了。” “请成为实验观测器吧。”在场的每人都被给予了特殊的能力参加各种项目。 下定决心要摧毁这一组织的启，以谁都无法预料的能力和罕见的“脑”能力为武器，新时代的头脑派能力战斗开始。
在一座远离大都会吵闹喧嚣的平凡小镇，不甚兴旺的兔子山商业街内，生活着一群可爱有趣的人。故事的女主角北白川玉子（洲崎绫 配音）是当地饼店“玉屋”的长女，她性格活泼随和，擅长制作饮食，与对门面饼店“大路屋”的儿子大路饼藏（田丸笃志 配音）是一对青梅竹马，不过两家的爸爸是典型的同行冤家，彼此一见面便战火不断。这一日，玉子在花店意外发现一只会说话的鸟（山崎巧 配音）。鸟自称来自南方，肩负着神秘使命。鸟的到来自然为玉子和周边人的生活增添不少乐趣，而快乐浪漫的青春校园生活又令人心驰神往。
海宝是彩虹城的守护者，是帮助人类的精灵，有超能力，能够解救人类，看上去憨厚可爱，实则大智若愚。有一天，玩偶星球派来了破坏者丑丑，作为彩虹城的守护者，海宝与丑丑展开了战斗，这是故事中一对主要的冲突角色。但丑丑并不是简单的反面形象，他来自外星球，那个星球因为发展模式出现了问题遭遇了困境。玩偶星球的生物已经丢失去了原本所具有的真情实感，但丑丑的内心中藏有美好的东西，因此，最终被海宝和彩虹城的人们感化。
故事的舞台是互联网系统发达的都市「DEN CITY」。在那里有经由巨型企业「SOL技术社」通过高度的网络技术构筑而成的被称为「LINK VRAINS」的VR空间。人们都在那个VR空间中为体验到全新的决斗而狂热。可是在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来进行黑客行为的谜之黑客集团「海诺因骑士团」。而他们的目标是将存在于互联网的某处的“AI们的世界=电子界”毁灭。然而在世界受到这样的威胁时，有一名决斗者站了出来。而他的名字正是「Playmaker」。在那场传奇的战斗中，「Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒，成功捕获了「SOL技术社」和「海诺因骑士团」都想要得手的迷之AI程序。一度拯救了世界，然后却突然消声匿迹了，而他的名字就在互联网的世界中一瞬间变得声名远播，成为了传说。而现在，作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作，为了寻找过去发生的某件事件的真相，对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」展开了追击...... 以此为契机，命运的齿轮就此转动……迷之AI的真身，「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的，以及隐藏在游作过去的真相到底是———所有的答案，都在「Link Vrains」中
