自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中，超能力已经可以通过科学技术创造出来，但是眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女还是把上条当麻吓了一条。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。
半田清舟（岛崎信长 配音）身为著名书道家半天清明的儿子，有着一段不同寻常的童年。半田拥有英俊的外表和聪慧的头脑，却偏偏性格内向不善言辞，接二连三的误会让他成为了同学们眼中的“怪咖”，而向来笨口拙舌的半田自然无法替自己正名，就这样，校园中关于“半田之壁”传说不胫而走，总是曲解他人好意的半田该如何翻身？总是戏弄半田的川藤鹰生（兴津和幸 配音）、成绩优异具有领导气质的相泽顺一（广濑裕也 配音）、样貌英俊总与半田较劲的二阶堂礼绪（柿原彻也 配音）、 身强体壮的肌肉男筒井茜（细谷佳正 配音）、和半田境遇相似的近藤幸男（山下大辉 配音），在他们的陪伴和帮助之下，半田最终能否走出心灵的桎梏，获得周遭的认同呢？
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《飞哥与小佛》的创作者们呈现了一系列与墨菲定律同名的系列作品，墨菲定律指出，如果任何事情有可能出错，那么它就会出错。
