自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中，超能力已经可以通过科学技术创造出来，但是眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女还是把上条当麻吓了一条。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。
故事进入新阶段——在《POP IN 2》发行六个月后。在MEMcho的努力下，B Komachi即将迎来事业的突破。Aqua是一位多才多艺的女性，Akane也正稳步朝着成为一名优秀演员的目标迈进。与此同时，Kana失去了往日的开朗。而Ruby为了追查Ai和Goro死亡的真相，在娱乐圈崭露头角——她以谎言为武器。
“瞒着妻子……会害怕吗？ ”
派（小弗雷迪·普林兹 Freddie Prinze Jr. 配音）是一条看上去非常不起眼的小鱼，可实际上，他出身于波斯顿最高海军部队。在一场事故中，派不幸的失去了父母，悲伤的他不愿意再留在伤心地，于是决定只身一人前往加勒比海岸。在旅行的途中，派结识了超级模特科德莉亚（埃文·蕾切尔·伍德 Evan Rachel Wood 配音），两条小鱼很快就看对了眼，走到了一起。然而，当地著名的混混沙克（布莱斯·贝克汉姆 Brice Beckham 配音）一直非常想要得到科德莉亚，即便她已经名花有主，但是沙克还是不断的骚扰着她。派怎能对此坐视不管？即便对方是一条让他感到非常恐惧的鲨鱼，派还是勇敢的向沙克发起了挑战。
