自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中，超能力已经可以通过科学技术创造出来，但是眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女还是把上条当麻吓了一条。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。
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当马克被迫面对自己的过去和未来时，一切都发生了变化，同时他发现还需要走多远才能保护他所爱的人。
星球在战之后的百年，白鸽岛一场简单的庆典。却引来了外星人争夺神秘石像的战争。毫无心理准备的白鸽岛顿时陷于惊慌失措之中。在现阶段的外星人统治下，原本相互为敌的几方人被迫在白鸽岛一起居住。外星人打着寻找自己各族隐匿在人类中的头叛徙的旗号，挑动人类相互怀疑残杀。而自己扮演一个救世主，从面而使人类在精神上屈服。在武力的胁迫下，无知的人们把自己的邻居——“外星人的叛徙”推上了断头台。少年天望，承受着同的屈辱，忍辱负重独闯阴阳之界去收集对付外星人的第七种元素，途中历尽生死磨难，灵魂与肉体倍受煎。在他的带领下，少年们与邪恶展开了殊死搏斗，以宝贵的生命，满腔的热血重塑了人类的尊严。
