自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中，超能力已经可以通过科学技术创造出来，但是眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女还是把上条当麻吓了一条。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。
这里是地球的某个角落，由丛林组成的原始岛屿。 奇怪的是，这里生活着三个像遭到抢劫一样的朋友。有人类少年“奥格利”， 笨熊“巴洛乌”，过度早熟的“蠢货”。 某一天，不知道是不是快递派送失误，从天上掉下了几个箱子，箱子里的各种东西给生活在原始世界的三位朋友带来了很大的混乱。 接触到陌生的现代文明的他们，今天究竟会度过怎样奇怪的一天，让我们拭目以待。
在一座因为发展秘密科技所以被毁灭的城市里，埋藏着可以让死人复活，让活人永生的巨大力量。这力量诱惑着一群又一群无法对命运释怀的人来到这座城市。他们或厮杀，或沉沦，或终其一生追寻已经触不可及的安宁。那力量则静静看着他们，并默默从中挑选自己的主人。被它选中的人，将决定这座城市外所有人类的命运。
