《本草中国》第二季延续以“本草”为核心要素，讲述的是本草的功能和用法。相对于第一季对本草药采摘、炮制、配伍的环节和流程展示外，第二季把“用药”作为故事的核心，通过本草把医生与患者的故事串联起来，呈现了四十余位以悬壶济世为己任的国医大师与中医药名老专家，展现他们令人叹为观止的医技和关乎生命的感人故事，充分彰显“大医精诚”的力量，渗透属于中国人的生命观、价值观和自然观。在独特的中国传统文化视角下，用传统中医药哲学“天、地、人”的思想统领全片，从而理解中医药中相互交织相互影响的伟大哲学命题内核。
已过不惑之年的单身中医大夫杨光，偶然结识了“丧夫”白富美张娜，二人互生情愫，杨光决心好好照顾张娜和她腹中的孩子。不料订婚典礼之上，张娜的已故前夫白金却惊悚现身，原来这一切都是张娜为了报复白金出轨而编造的谎言。白金要求张娜净身出户，杨光将其接回家照料。
清末民初，一场由家族恩怨和军阀荼毒惹出的悲剧，改变了富商连氏的仆从连城（黄觉 饰）的命运。在主家遭到灭门后，连城成为托孤之人，并替主家复仇。在此之后，出奔逃命的他己经周折加入了国民党，并跟随恩人苏志丹（孙洪涛 饰）参加革命，而苏则在连城的心中埋下了共产主义的种子。在血雨腥风的年代，连城凭借满腔的热情和坚毅机敏挺过了层层磨难和考验，他在国民政府位居显赫，真实身份却是共产党安排在蒋介石身边的卧底。在此过程中，他也重逢当年导致主家遭灭门的仇人之子韩奎（祖峰 饰），国仇家恨汇聚成了巨大的漩涡…… 本片根据真人真事改编，主人公韩练成（原名韩圭璋）是目前已知的历史上潜伏在国民党内部官衔最高的卧底。
本季中，米奇和特里努力守护他们的美国梦，但为了超越对手和执法部门，他们的关系却受到了损害。兄弟俩偶尔会为了共同的目标放下分歧，但墨西哥发生的事情将永远改变他们。
巍巍康熙王朝即将落下帷幕，皇位的归属引来诸位皇子的明争暗斗，偌大皇宫之中，一派祥和的外表下杀机四伏，凶相迭出。恰在此时，一个本该在21世纪过着平凡生活的少女洛晴川（杨幂 饰）意外穿越到了这个波谲云诡的时代，她是一名考古系的学生，对历史有着浓厚的兴趣。在这里，她凭借丰富的史学知识在皇宫中博得一席之地，也结识了早在历史书籍上便已熟悉的胤禛（何晟铭 饰）、胤禩（冯绍峰 饰）等阿哥，在交往中更与他们产生了感情。在夺嗣之争中，晴川见识到了宫廷勾心斗角之惨烈，也亲眼见证了与史书所载不一样的历史。
