《本草中国》第二季延续以“本草”为核心要素，讲述的是本草的功能和用法。相对于第一季对本草药采摘、炮制、配伍的环节和流程展示外，第二季把“用药”作为故事的核心，通过本草把医生与患者的故事串联起来，呈现了四十余位以悬壶济世为己任的国医大师与中医药名老专家，展现他们令人叹为观止的医技和关乎生命的感人故事，充分彰显“大医精诚”的力量，渗透属于中国人的生命观、价值观和自然观。在独特的中国传统文化视角下，用传统中医药哲学“天、地、人”的思想统领全片，从而理解中医药中相互交织相互影响的伟大哲学命题内核。
常语琪（白雪 饰）家中经营着一间小小的卤味店，身为店主的女儿，常语琪常常在店中上上下下奔走帮忙，活脱脱一个小掌柜。实际上，常语琪十分羡慕那些穿着西装高跟鞋，出没于格子间写字楼的女白领们，渴望着成为其中的一员，但看着依然天真烂漫童心未泯的母亲，常语琪知道自己必须背负起家庭的重担。一次偶然之中，常语琪获得了进入顶级高科技公司阿尔法公司工作的机会，这正是常语琪一直以来的愿望，不仅如此，常语琪亦和仰慕的男神封舟（张睿家 饰）成为了同事。起初，封舟十分瞧不上常语琪这个初出茅庐的菜鸟员工，但随着时间的推移，常语琪用努力和实力证明了自己，终于获得了封舟的认可，也收获了美满的爱情。
宇文峰（郑少秋 饰）出身武当，勤学苦练，身手了得，学成下山后，宇文峰受到了当时最大的兵器工厂唐门的赏识，门主更是将女儿唐碧（汪明荃 饰）许配他。哪知道唐门突遭不幸，被诬陷勾结外族，落得满门抄斩的下场，而宇文峰则被打入大牢，即将问斩。太监张诚（陈鸿烈 饰）欣赏宇文峰的身手为人，以替他卖命作为条件，救下了宇文峰。
