《本草中国》第二季延续以“本草”为核心要素，讲述的是本草的功能和用法。相对于第一季对本草药采摘、炮制、配伍的环节和流程展示外，第二季把“用药”作为故事的核心，通过本草把医生与患者的故事串联起来，呈现了四十余位以悬壶济世为己任的国医大师与中医药名老专家，展现他们令人叹为观止的医技和关乎生命的感人故事，充分彰显“大医精诚”的力量，渗透属于中国人的生命观、价值观和自然观。在独特的中国传统文化视角下，用传统中医药哲学“天、地、人”的思想统领全片，从而理解中医药中相互交织相互影响的伟大哲学命题内核。
故事发生在上世纪七十年代初期。上山下乡运动如火如荼，庄会生（史天庚 饰）因暗恋叶晓帆（王媛可 饰），偷改志愿，结果事与愿违，独自去了陕北，而叶晓帆、乔海洋（张译 饰）等人则分配到东北建设兵团。纨绔子弟段军对叶一见倾心，但叶只对海洋有好感。范学东（刘向京 饰）心胸狭窄，一次次给开朗乐观的海洋下套，但都被大嘴连长（程煜 饰）解围。刘北上（王桂峰 饰）与海洋亲如兄弟，他喜欢上郑红梅（沈傲君 饰），而红梅暗恋的却是乔海洋。叶晓帆对段军的骚忧防不胜防，为此海洋与他大打出手，但最终晓帆还是落入段军设下的圈套，被其强奸致孕，自杀时被招工回城的庄会生救下，闻讯后的乔海洋彻底绝望......
恒山山麓。展昭(寻峰)与邓车练武，其师慕容南将二人叫去，告诉他们功己练成，应下山建功立业。为朝廷出力。二人辞别师傅下山。邓车来到杭州，得知招贤馆招贤纳士，遂去投拜，当场比武，连挫杭州四雄。杭州兵马都监与之战，被邓掌毙于当场，杭州太守庞琦大喜，当即叫他继任了杭州兵马都监之职。展昭下山后，回家探望父母，父母己去世，他随老仆人展忠到二老坟前进行了祭祀后，便离家去杭州。展昭来到杭州断桥，正观赏间，忽见一老头跳入水中，展正着急，一青年渔翁划船过来，跳入水中救起老头，问明寻短见原因，决定资助其二百两银子，叫他明日此时到此地凉亭上取，言毕辞去。展昭暗中跟随其后。暗中打听，得知渔郎乃江南赫赫有名的丁氏双侠中的老二丁兆蕙。二人语言投机，遂成莫逆。临别，展邀丁一同去京城投考武状元，丁无意功名，二人分手……
