1940年，日本人意图剿灭江南和江北的新四军。日军策反并安插了袁向辰的副官代名扬，设下毒计，将袁向辰部引入日军埋伏圈将队伍全部歼灭，只有袁向辰一个人侥幸死里逃生，为地方民团女首领高怡然所收留。袁向辰在民团内部组建了小分队，和新四军游击队密切合作，开始针对敌人的猎鹰计划，展开一系列针锋相对惊心动魄的坚决斗争，除灭为虎作伥的汉奸，护送新四军重要领导人到根据地，破获日军密码，护送国宝转移，炸毁日军导航站，消灭日军细菌战武器，为抗日竭尽全力，最后在和日军六面扫荡根据地的顽强作战中全体壮烈牺牲。
年代战争题材 这个戏写的是白洋淀雁翎队的故事，大家知道的《小兵张嘎》说的就是那里的事儿，不过《水上游击队》的主人公是游击队的队长魏光明和副队长丁水妹，嘎子在里面晃了一眼，只是一个很小的配角，按照现代的人性观念，我觉得让一个小孩子去打打杀杀是不太人道的。真实的战争是残酷的、枯燥的、恐惧的、混乱的，肯定不像文艺作品中那么曲折离奇、悬念迭出、激动人心。为了让戏好看，正邪双方的力量和对抗都加强了很多，而且，本剧中的各方都足够聪明，因而对杀起来就更加扑朔迷离、惨烈异常，看过剧本的同志评价，这个戏的节奏和对抗性都很“美剧”。另外，在创作剧本的时候还保留了一点私心，尽可能地还原历史的大背景，比如并没有刻意丑化日军，对于我军“平型关大捷”、“百团大战”尽量去除水分，做客观描述，对国军在抗战中的贡献有所交代，还特意安排了一个前国军的营长参加雁翎队，做教官。
花冈七樱（滨边美波 饰）和母亲以前一起居住在老牌点心店光月庵，她和青梅竹马的光月庵继承人高月椿（横滨流星 饰）是初恋对象，但是在15年前，椿的父亲被刺身亡事件发生后，警察根据当时年仅6岁的椿的证言将七樱的母亲逮捕，七樱也被光月庵所逐出。然而，七樱的母亲在调查中去世了，此案至今仍留有谜团。15年后，七樱与椿在一个点心对决比赛中再会。对七樱的点心感兴趣的椿，在没发现她是自己青梅竹马的情况下，才第一次见面就提出了求婚。而七樱为了证明母亲的清白，决定隐瞒真实身份，利用和椿结婚进入光月庵。但是在那里，等待着她的是意想不到的逆境。
何天心容貌清秀可人，个性叛逆，热心助人，活泼可爱，天不怕地不怕。从父亲所留之医书里学到粗浅的耆黄之术，在民间有『小华陀』之称号。为学正统宫廷医术，决心乔装成男医士，进宫习医。好打抱不平的个性让她结识了假太监张哲三和皇帝朱历，三人一同经历了镇南王叛变和汪公公的迫害，每每都凭自己过人的机智和高超的针灸医术度过难关。平时与张哲三打打闹闹，丝毫不查自己对张哲三的爱意，直到张哲三保护自己而遭砍伤，这才让天心发现，两人早在不知不觉间互相爱慕。被知晓女儿身身分后，皇上屡次为自己解危，但心系张哲三的天心，只能将皇上当成好兄弟，因为那独一无二的爱情，已经给了张哲三。但张哲三却因阴错阳差没当上护卫，而转为太监，但没想到执刀从未失手的净身员刘一刀，当天因为天心配错了药，而头昏眼花，竟然一刀落下刺中张哲三的大腿而非命根子。幸亏刘一刀一时失手，但张哲三从此也成了假太监～小三子。在陪同天心回乡替穷苦民众免费诊疗后，渐对这平时古灵精怪的天心改观，甚至产生好感，屡次不顾性命也要守护天心。因镇南王事件戴罪立功，哲三恢复男儿身，成为御前带刀侍卫，因某次救了游湖溺水的水灵公主，令水灵公主芳心暗许。在得知皇上对天心的爱慕之意，自觉身分配不起天心，便将自身感情隐藏心底，却不知这样若即若离的态度，同时牵动着天心和水灵公主。在得知天心为女儿身的身分后，故意加以隐瞒。天心过人的机智和勇气，不但替皇上拢络了宫中人心，也使皇上逐渐为她倾心。当皇上发现张哲三对天心有情时，不顾太后反对，执意要立天心为后，而三人之间的关系渐渐起了微妙的变化……另一方面，汪公公发现皇上与因有天心、张哲三相助，在朝中势力逐渐巩固，因此便与镇南王密谋伪造天文凶象，企图逼皇上退位。羽翼未丰的皇上，能顾全天心、张哲三，并拿回实权吗？
故事围绕着主人公弗朗索瓦·“弗兰克”·克拉奇菲尔德（摩根饰）展开——熟悉他的人都叫他“克拉奇”——他是哈莱姆区的一位鳏夫，原本打算享受空巢生活，但他的千禧一代儿子和自由奔放的女儿搬回家后，他的计划被迫搁置。
