星历41153.7，星际联邦第五艘命名为企业号（USS Enterprise，NCC-1701-D），同时也是最先进的星舰正式入役，首任舰长为备受尊重的让-卢克·皮卡德上校，企业号接到的第一项命令是前往新设立的远点地面站调查交易情况。然而，企业号在前往远点站的过程中被一个自称Q的超维度生命体拦了下来，指控船上的所有类人生物都还野蛮、未开化，没有资格在宇宙中历险，皮卡德和船员们要是想证明自己就必须接受挑战，调查即将发生在远点地面站的一系列神秘事件的真相。
第六季故事为第五季结束时，萨德侵占莱克斯的身体，并灌输他跟克拉克一样的超能力，还释放一种病毒到地球。
空军上尉秦朗在一次实弹演习中克服困难完成了任务后却被派去改装空中加油机，一心想改装K型机的秦朗不服却不得不听从上级命令。在江城，秦朗遇见了因事故免职的空军上校丰雷，作风严谨不近人情的丰雷与心高气傲感情用事的秦朗在观念上产生了极大的冲突，两人在训练期间经常斗智斗勇。一次意外，丰雷发现秦朗对空中右发停车有严重的心理阴影，丰雷不计前嫌用各种方法试图让秦朗克服心理恐惧。邻国动乱，我军出境反恐却遭遇了恐怖分子的袭击，飞机被敌方导弹击中，千钧一发之际秦朗克服了心理恐惧单轮着陆救了人也救下了飞机。最终秦朗如愿以偿的改装了K型机，也收获了爱情。而队长丰雷，在与秦朗的相处中也重新理解了亲情，友情和爱情。
