1950年，新中国成立的第二个年头。虽然华夏大地迎来了久违的和平，但是在湖广一带仍有为数不少的国民党残余势力和土匪恶霸的部队星散在大山深处。尤其在匪患最为严重的广西，先后有数百名革命干部遭到杀害。为了清剿匪患，一度被判处死刑的前四野军官洪风（丁海峰 饰）逃得一命，他被任命为飞狐小分队的队长，带领石八枪（马师红 饰）、莫三甲（尚于博 饰）、伍味子（杨舒 饰）等性格各异、身怀绝技的高手挺进大瑶山。那里不仅有向山雷和女匪柳叶飞两股强劲的土匪势力，更有昔日恋人邱雨（温峥嵘 饰）组建的毒刺小分队。
大学室友萧青葶、单紫、蔚蓝、橙橙，性格迥异却也互补。毕业将至，萧青葶在父亲安排下到一家影视公司实习，遇到了失联多年的儿时好友郑宇，更偶然被调到制作部，见到了仰慕已久的名编剧慕容轩，开启了自己的编剧梦。外貌出众的单紫精挑细选出几家大公司，投简历、面试，但却因为一次简单的客串，凭借自身完美的外形以及在镜头前自然的表演，引起了经济公司的关注，对于这样的人生转折，向来有主见的单紫也有些不知所措了；家境优越的蔚蓝准备用几年时间独自遍游全国，在偶遇几位支教志愿者之后，跟随他们走进了大山；成绩相当优异的橙橙则宣布了一个让人跌破眼镜的决定，她放弃了所学专业，想要成为一名真正的芭蕾舞演员。
一九四三年秋，日本帝国主义对中国的侵略战争进入了最后的疯狂阶段。为了粉碎日寇的清剿，临江城的抗日组织精心准备了一批军用物资要交给游击队，但交接物资的时间、地点被日本宪兵司令部发现。于是一次计划十分周密的行动猝不及防地变成了一场大屠杀。联系人牺牲、物资失踪，一夜之间，组织和游击队之间的联系也中断了。智勇双全的欧阳锋危急之中受命赶赴临江城，带领一大批中华民族的优秀儿女，最终将物资找回，并在爱国人士帮助下将物资送回游击队驻地。欧阳锋等人与日寇和汪伪特务之间展开了一次又一次的残酷斗争，完成了一次又一次上级党组织交给的任务，最终书写了一曲可歌可泣的抗日英雄赞歌。
第六季故事为第五季结束时，萨德侵占莱克斯的身体，并灌输他跟克拉克一样的超能力，还释放一种病毒到地球。
法医病理学家兼作家理查德·谢泼德博士通过受害者的尸体揭示了可怕犯罪背后的真相，以区分事实与虚构，确保真相始终占上风。
