香港SARS疫潮过后，人们终于从阴霾中走出来。脑外科医生程至美突然得知前女友的死讯，情绪崩溃，极度自责抑郁。法医岑雅晴伴其左右，鼓励他重新建立信心。急症室医生黎国柱结束了与女友的恋情，却卷入与骨科医生叶淘及见习医生曾淑淇的三角恋中。不幸感染SARS的心脏科医生林敏智留下后遗症，为保全名声而隐瞒病情，却令病情日益恶化。妇产科医生万安生与急症科医生向众仁正计划共同生活，然而却因护士戴玉莹的介入而面临一场情感考验。
威尔·斯科特是联邦调查局顶尖的密码分析师之一，他受雇破解一份高度加密的文件。他很快发现这是一份暗杀名单，这使他成为想要夺回名单的坏人的眼中钉。
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FBI助理局长沃尔特·斯金纳是一桩凶杀案的主要嫌疑人，这起案件与一名女子的死因有关，而她正是他当晚与之共事的。穆德和史卡利是他证明自己清白的唯一线索，而他的上级警官试图阻止他，唯一的线索是一位神秘的老妇人。
主线围绕第一集大结局搬来的黑人主妇“贝蒂·爱波怀特”。她在地下室建了一个牢房，关了一个看似非常危险的人。后来知道这个人其实是她的大儿子，杀了二儿子的女友，贝蒂不想让儿子被抓，又怕他继续伤人，便把他关了起来。然而，真相并非如此……至于其他几名主角，苏珊麦克分分合合纠缠不清；伊蒂和卡尔好上了，而卡尔希望跟苏珊复合；布丽沉浸在丧夫之痛中无法自拔，还要面对变态药剂师的追求；勒奈特回去工作；盖比和卡洛斯的婚姻历经一系列波折走向破裂。
花城站派出所警长常胜正面临着事业与生活的双重危机：在升副所长的希望泡汤后，自己与妻子周颖多年的婚姻也走到了尽头。此时正遇辖区内东寨车站驻站警老孙在执勤中突发疾病身亡，于是常胜选择自我放逐，来到这个偏远小站接班。
