《晶码战士》是一部大型科幻动画片连续剧，以“环保”为主题，围绕“历险”、“励志”展开，讲述了四位主人公与他们的晶码兽为了保护地球，与外星球邪恶集团作斗争的故事。
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五帝之一青帝封印青麟木，但封印不稳，每隔一段时间就会产生裂隙，狐族为了报答青帝恩德，自愿留下守护青麟木。黑帝封印解除后，瞳洸成长为一个娇俏的少女，她担负起姐姐的职责成为玄水教祭司，以前那个只会依赖别人的小女孩渐渐成长，变得坚强独立起来。而在玄水祭坛上，玄极从黑衣人身上发现了一股熟悉的气息，那气息和自己有着千丝万缕的联系，似乎是一位故人……黑衣人究竟会是谁？
三个同名的朋友的古怪日常生活。
哈洛克 (S-00999)、大山藤一郎 (S-00998) 和艾梅拉达斯 (X-00001) 乘坐阿卡迪亚号逃离被侵略者伊鲁米达斯占领的地球。随后，他们被列入全宇宙通缉名单，通缉代号为 SSX，尽管遭到了 Illumidas 军队的攻击，他们仍然与包括外星人 La Mime 在内的同伴一起继续旅程，寻找他们认为存在于宇宙某处的乌托邦“阿卡迪亚”。战斗中，地球男孩物野忠、女孩利威尔和雪萤加入了队伍，班博士则担任船医。另一方面，伊路米达斯地球占领军命令年轻的天才科学家佐恩先生对阿卡迪亚号进行分析和调查，以建造一艘超越阿卡迪亚号的飞船。佐恩先生也踏上了前往阿卡迪亚的太空之旅。
9岁男孩马丁是一名小学生，由于误食了特殊药物，马丁发生了奇特的变化。每天早上马丁都会变成一个不一样的人，他会变成力大无比的超人，又或者会变成小龙人、变成国王、变成外星人、变成侦探、变成机器人，变成魔法师，变成老巫婆，变成吸血鬼等等。由此而引发出了一个个有趣的故事。
