《晶码战士》是一部大型科幻动画片连续剧，以“环保”为主题，围绕“历险”、“励志”展开，讲述了四位主人公与他们的晶码兽为了保护地球，与外星球邪恶集团作斗争的故事。
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拥有超强吐槽气质的高中生小雪芹，因自己的吐槽气质而最讨厌渴望被吐槽的人。然而，盯上他的却是外表、言行、气场、甚至其存在本身都充满槽点的最强中二高中生——花鸟兜。发誓绝对不吐槽他的芹，终究还是没有忍住。他的周围，有点奇怪的家伙们也开始渐渐聚集……时而爆笑时而可爱的男子高中生喜剧故事即将拉开序幕。
特别喜欢游戏和金平糖的高中生白柳启，有一天，被一个自称是魅音的神秘女子卷入了战场。 魅音对聚集起来的人们说：“你们已经没有户籍了。” “请成为实验观测器吧。”在场的每人都被给予了特殊的能力参加各种项目。 下定决心要摧毁这一组织的启，以谁都无法预料的能力和罕见的“脑”能力为武器，新时代的头脑派能力战斗开始。
