《晶码战士》是一部大型科幻动画片连续剧，以“环保”为主题，围绕“历险”、“励志”展开，讲述了四位主人公与他们的晶码兽为了保护地球，与外星球邪恶集团作斗争的故事。
在一个科技发达、生活便利、和谐美好的小镇上，诞生了世界上第一台人工智能校巴——百变校巴。百变校巴守护着阳光森林幼儿园的小朋友们，在小朋友们心中，百变校巴温和耐心、充满智慧，就像一个无所不能的大哥哥，陪伴他们成长。
帕尔斯是一个富饶而又强大的国家，百姓们在此安居乐业，国泰民安。然而，异教徒之国鲁西达尼亚的铁蹄踏破了帕尔斯的宁静，纷飞的战火烧毁了辛苦维系的和平。帕尔斯在战场之上节节败退，丢掉了大片的疆土，国家走到了灭亡的边缘，王子亚尔斯兰（小林裕介 配音）亦不得不踏上逃亡的旅途，一路上保护着他的，是忠诚而又强壮的骑士达龙（细谷佳正 配音），两人相互扶持，是否能够完成复国的愿景呢？那尔撒斯（浪川大辅 配音）、耶拉姆（花江夏树 配音）、奇夫（大桥贤一郎 配音），一路上，亚尔斯兰结识了一群愿意跟着他出生入死的好友，他们相互信赖，相互依靠，彼此之间结下了深厚的友谊。在重重的困难之中，一行人艰难的向着王都进发。
柚木夏纱（河西健吾 配音）是一名非常出色的橄榄球运动员，带着众人的期待和对未来的希冀，他进入了堂紫社大学就读，准备在这里施展一番拳脚。哪知道，一场意外的发生，让柚木再也无法重新站上赛场，他有可能将要永远的告别橄榄球这项自己挚爱的运动项目了。柚木青梅竹马的玩伴真行寺清一郎（铃木崚汰 配音）、曾经背负着天才运动员的名号，如今却选择了隐退的上丘伊吹（柳田淳一 配音）、非常崇拜柚木，一直不离不弃的追随着他的脚步的真白优（村濑步 配音）和亦敌亦友，在橄榄球运动上充满了天赋的都留靖也（小松昌平 配音），好在有这些朋友们的支持和信赖，柚木充实了信心，向关西大学橄榄球循环赛发起了挑战。
