发生了警察被夺走自己的枪，后脑勺中弹死亡的事件。浅轮直树（井之原快彦饰）等特别搜查班开始展开搜查。逮捕了有前科的男子后，发生了第二起杀人事件。小宫山志保（羽田美智子饰）等人前往事件现场的餐厅，被杀害的是该店的厨师。得到了戴面具的男人的目击信息，不久，一名员工被拘留。然而，第三起事件又发生了。下一个被害者是从事黑钱行业的男子，作案手法和使用的手枪与第一、二起案件相同。监控摄像头拍到了那个戴面具的男人。直树灵光一闪，再次来到事件现场寻找线索。第四起事件终于发生了。
威廉的讲话不仅对法庭产生了影响，也对整个学校产生了影响，因为希勒斯卡学校正面临着学校历史上最严重的危机。
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第六季中，故事始终以两条叙事线索展开。其中一条，他们在岛上。另外一条，他们也坐过那班飞机，但飞机没有出事，因此每个人都在岛外过着完全不同的生活。戴斯蒙发现两个世界之间的连接点，他于是一个个地去找那些曾经同机的人，用各种极端的方式让他们“回忆”起在岛上那段其实他们并没有经历过的日子。很多从不相识的人因此走到了一起，相爱，幸福地生活在一起。而在岛上，他们早就因种种缘由失去了彼此。最后，杰克在父亲的葬礼上见到这些同伴们幸福的笑脸，他也笑了。一直以来在宿命和责任中挣扎的杰克，在“醒”来的那一刻，真正解脱了。
