2002年，资深老贼段虎（张国强 饰）的贼老婆乔安娜（殷桃 饰）已怀有六个月身孕，但是一次盗窃将夫妻二人双双送入警察局。观音桥派出所所长向前进（孙海英 饰）负责此案，他一面秉公执法，一面和徒弟周术术费尽心思保证安娜和她肚子里孩子的安全。孩子平安降生，前进为他起名段益，希望孩子将来能有益于人民。贼公贼婆锒铛入狱，但段益成为向家难以割舍的存在。时间一晃而过，段益（崔璨 饰）进入小学，乔安娜和段虎也先后出狱。他们不仅要思索该如后走出改过自新的人生，更要考虑如何与他们的亲生骨肉相认相处。
相传“千门”由伏羲氏创立，在历史中不断演化发展，形成各门各派，涵盖赌术、骗局、易容术、催眠术、中国戏法等等，民国时期最为鼎盛。“千门”技艺概不外传，直到门中一少年为报杀父之仇，开始揭秘各中因果，世人才恍然大悟。故事发生在民国时期一个“三不管”的地界，这里三教九流汇集，俨然是一个暗潮汹涌的小江湖。因一场离奇的案件，三个身份各异的年轻人走到一起，开始“组团”破案的历程。此后一桩桩超自然离奇案件接踵而至，各色光怪陆离的江湖奇人悉数登场，隐藏在所有案件背后的神秘力量慢慢浮出水面。
故事围绕三位性格迥异的中年好友展开：吉井雄太曾是大型商社王牌业务，如今被调闲职，生活空虚；藤卷肇是中学电影部部长，个性偏执、曾梦想成为导演，但近年来创作热情消退；菊原纪介性格柔弱，继承母亲理发店，照顾渐患失智症的母亲而迷失自我。某天，三人因一则旧城镇的新闻重聚，回忆起1988年的青春岁月与电影研究部往事，发现曾崇拜的女顾问老师神秘失踪。三人重新踏上寻找真相的旅程，在怀旧与现实交错中，找回初心与青春热血。
《育种者》第三季以保罗搬出去住在莉亚家开始。他应该很孤独……
