新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来，人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员，与研究所员齐心协力，面对强大的敌人！究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。变身！SHINKALION！
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这是一个神奇的火车世界，里面生活着许多火车居民，还遍布着无数蜿蜒曲折的铁路和大大小小的隧道，这些铁路和隧道不仅连接贯通了中心广场和各个村庄，还帮助火车世界源源不断地运输能量。可是，在火车世界里，还生活着一群邪恶的捣蛋派，他们总是惹是生非，给火车世界的居民们带来各种麻烦，还总趁超能火车们不注意，偷偷窃取各个地方的能量球，搅得火车世界很不安宁。面对各种各样突如其来甚至意想不到的危机，勇敢无畏的超能火车嘟宝与他的朋友们勇敢地站出来，变出各种酷炫的装备，为拯救火车世界与捣蛋派斗智斗勇。
