新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来，人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员，与研究所员齐心协力，面对强大的敌人！究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。变身！SHINKALION！
某个春日，安艺伦也在樱花飞舞的坡道上与少女·加藤惠命运般地邂逅，并想着要制作以她为第一女主角的同人游戏。他邀请美术部所属、以同人插画师的身份活动的泽村·斯宾塞·英梨梨，以及学年第一的优等生、身为轻小说作家活跃中的霞之丘诗羽，共同成立了blessing software。并终于发表了第一部作品——。英梨梨和诗羽为了开发大作游戏《寰域编年纪》而前往人气创作者红坂朱音之处。 blessing software的代表伦也继续社团活动，和副代表惠一起开始了新作的开发。他起用在做插画师的学妹·波岛出海，向身为制作人的出海之兄·伊织发出委托，和冰堂美智留及其乐队icy tail一同推进着新作的开发，然而……。英梨梨和诗羽的大作会变得如何？伦也和惠的关系发生异变？ blessing software的新作究竟会走向何方？围绕着不起眼女主角的青春涂鸦，迎来终幕。
无数细线横亘在星空之中，如同一把巨大的刷子。三体星舰队将于400年后抵达。遥远蝴蝶扇动着翅膀，也改变了罗辑的命运，轰然打开的门后是世界中心——面壁计划开启。同时，智子所创建的破壁室内，破壁人一一就位……
