孙悟空为了拯救终年无雨的花果山，孤身前往只招收神仙学员的仙法学院——三星洞，拜师菩提老祖学习变化无穷的仙术。求学期间孙悟空除了交到一群肝胆相照的好友外，还发生了很多欢乐有趣、啼笑皆非的故事。然而此时，东海龙王正在暗中研制药物，通过控制傀儡的意识使之成为无情的杀手，向天庭复仇。孙悟空与他的同学们发现了龙王的阴谋，齐心协力试图阻止这场将会殃及苍生的争斗，与东海龙王展开了上天入海、横跨仙人两界的终极大战。孙悟空也在此次大战中完成了成长与蜕变，领悟了七十二变的真义。
在京都居住的内向男高中生直实（北村匠海 配音）的面前，突然出现从10年后穿越而来26岁的自己（松坂桃李 配音）。未来的直实告诉他，自己不久便会与琉璃（滨边美波 配音）相爱，可是之后烟花大会时她却会因为一场事故意外离世。
官方宣布第二季制作决定
