故事设定在一个从未出现过奥特曼与怪兽的地球上。某天，因意外一名外星人从宇宙坠落。失去过往记忆的外星人“奥美迦”化身为地球人模样，被人称为“宙人”。他对人类充满好奇，积极地接触这些陌生的生命体。当神秘巨型生物接连出现时，尘封的记忆碎片被唤醒，宙人脱口而出“怪兽”二字。面对怪兽的威胁，强烈的使命感驱使他变身成为奥美迦奥特曼，与怪兽作战。随着故事推进，来自外星的宙人与一位普通青年逐渐成为并肩作战的伙伴。
木手英一（藤田淑子 音）是一个运动神经超级不发达但头脑极为灵光的日本小学生，他的祖先奇天烈斋曾是江户时代著名的发明家，生前著有《奇天烈大百科》，里面收集了他本人各种各样神奇的发明。英一继承了祖先热衷发明的基因，他偶然找到那本著作，按照书中的说明造出了会说话的机器人可罗（小山茉美 音）。以武士自居的可罗喜欢吃可乐饼或薯饼，个性善良却爱哭鼻子。英一在可罗和小伙伴的帮助下造出各种好玩、实用的道具，给他们带来许多快乐……
