本片是以神木高中“古典部”为舞台，围绕四个部员折木奉太郎、千反田爱瑠、福部里志、伊原摩耶花展开的校园推理剧。神木高中一年级生折木奉太郎是一个“节能”主义者，他信奉“不必要的事不做，非做不可的事就尽快解决”，过着“灰色”的高中生活。不参加任何社团的他，却因为姐姐的拜托而加入了濒临废部的“古典部”。在古典部他结识了好奇心旺盛的千金小姐千反田爱瑠，国中好友福部里志、伊原摩耶花也相继加入古典部。
大四应届毕业生安岩（王梓 配音）是一个平凡男孩，此时此刻他正为工作的事情而焦虑，当然自视甚高的他时刻不改吐槽毒舌的本性。某天，安岩乘坐公交车去位于山中度假别墅的打工，谁知途中上来三个神色诡异的男女，接着又有一个男子上车将安岩扔了下来。次日一早，安岩在家中醒来，不久便从新闻中得知他前一晚死于公交车事故的噩耗。惊愕之余，昨天那个神秘男子——馗道高手神荼（赵路 配音）。命运将安岩和神荼、张天师（彭博 配音）、王胖子（夏磊 配音）以及T.H.A协会（世界宝藏猎人协会）搅在了一起。他也将踏上一个闻所未闻的神秘旅程……
由人类思想和情感产生的“电子脉冲”被用作人工智能辅助装置“Sapotama”的能量来源。在这一惊人发展的阴影下，出现了可怕的怪物。数码兽是通过消耗电子脉冲进化的生物。天马智郎在与突然从他的Sapotama中出现的月光兽相遇后，经历了一段非同寻常的经历。在与泽城京以及赏金猎人小队“黄金黎明”的其他成员一起生活期间，智郎重新下定了决心。人类和数码兽将创造出怎样的未来？
