本片是以神木高中“古典部”为舞台，围绕四个部员折木奉太郎、千反田爱瑠、福部里志、伊原摩耶花展开的校园推理剧。神木高中一年级生折木奉太郎是一个“节能”主义者，他信奉“不必要的事不做，非做不可的事就尽快解决”，过着“灰色”的高中生活。不参加任何社团的他，却因为姐姐的拜托而加入了濒临废部的“古典部”。在古典部他结识了好奇心旺盛的千金小姐千反田爱瑠，国中好友福部里志、伊原摩耶花也相继加入古典部。
公元 3084 年，人类定居星际空间，但太空仍然充满秘密 - 最先进的宇宙飞船 Delta 号由一个非常强大的电子大脑控制，负责执行对新发现星系的研究任务。Delta 计划的构想是为了建立星际文明之间的对话。外星记者 Alma 被允许登上宇宙飞船后不久，她和船长注意到控制飞船的超级大脑可以自行行动。然而，没有人指望这个人工智能会想要探索人类的情感和感觉领域。最终，他们意识到记者的美貌是大脑奇怪行为的原因。她成为了大脑的缪斯女神。这台被迷住的机器失控并威胁到周围的所有生物。
