《果宝特攻3》讲述了 菠萝吹雪 偶然间穿越到了 古代 的水果世界。古代水果尚未经过培植改良，都是野果， 菠萝吹雪 从他们身上学习到中华兵法及古代书画，立志成为为民除害的 英雄 。 菠萝吹雪 开始修复时光机的 旅程 ，竟然遇到了水果伙伴们的 祖先 ，最后帮助他们打败了 火龙果 ，并顺利回到 现代 。
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世界会变成什么样？灵犀阁最后一位阁主到底是谁？被释放的火领主会做什么？灵犀阁会怎么样？女王和黎灰会得到灵犀之力吗？店长辛灵会回来吗？
天海护乘坐加里安在宇宙中搜索残存的佐达，但是有了意外的发现——用收集宇宙中的暗黑物质来再生三重连太阳系的parts Q Machine和执行这一行动的索鲁11游星主。在索鲁11游星主否决了宇宙和三重连太阳系共存的可能性后，护下了决心。护利用复制人和复制的加离安吸引住11游星主的主意，然后夺走parts Q machine，并把真正的加里安藏在11游星主不敢接近的G水晶里，不过复制人却被游星主俘获。J-Ark在木星决战后被the power抛到宇宙的边缘，发现了一些不对劲的可疑迹象。调查过程中，竟然遇到了被索鲁十一游星主追击的真正的小护。小护将parts Q Machine交给戒道，告诉他不能让它落入索鲁11游星主的手中。J发射ES火箭让他们逃走，自己留下应敌，不敌被俘。从ES Window中脱出的戒道坠入地球，parts Q Machine则分裂成... (展开全部)
皮皮鲁兄妹在自家衣柜发现309暗室，打开后遇到了科学家“觅工”并得到“致聪盔”。皮皮鲁将“致聪盔”戴到了宠物“大傻”的头上后，城市陷入瘫痪。皮皮鲁和家人齐心协力战胜“大傻”，魔方市恢复了原来模样。
