该剧以发明创造为主线，描写嘟嘟宝星球上的两位主要人物：发明狂卡卡嘟和他的随从波波嘟。卡卡嘟会发明任何特别神奇、充满智慧和想象力的东西，但这个东西一旦到了波波嘟手里，总会产生意想不到 的效果，反而让发明者卡卡嘟处境尴尬或狼狈。波波嘟看起来傻乎乎的，但其实他常常是大智若愚的；而卡卡嘟看起来极其聪明，但其实常常又是漏洞百出、弄巧成 拙的。这两个人物本身就是一对矛盾，使故事充满了诙谐和幽默，极富逻辑性和想象力，给人以启迪。
五帝之一青帝封印青麟木，但封印不稳，每隔一段时间就会产生裂隙，狐族为了报答青帝恩德，自愿留下守护青麟木。黑帝封印解除后，瞳洸成长为一个娇俏的少女，她担负起姐姐的职责成为玄水教祭司，以前那个只会依赖别人的小女孩渐渐成长，变得坚强独立起来。而在玄水祭坛上，玄极从黑衣人身上发现了一股熟悉的气息，那气息和自己有着千丝万缕的联系，似乎是一位故人……黑衣人究竟会是谁？
由人类思想和情感产生的“电子脉冲”被用作人工智能辅助装置“Sapotama”的能量来源。在这一惊人发展的阴影下，出现了可怕的怪物。数码兽是通过消耗电子脉冲进化的生物。天马智郎在与突然从他的Sapotama中出现的月光兽相遇后，经历了一段非同寻常的经历。在与泽城京以及赏金猎人小队“黄金黎明”的其他成员一起生活期间，智郎重新下定了决心。人类和数码兽将创造出怎样的未来？
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娆疆一行归来，李嗣源已称监国，借天子之名四处绞杀不良人，而身为天子的李星云也即将面临一个新的选择……
