六千年后，曾经鼎盛的剑士一脉已经衰落，只靠剑仙朝青秋一力撑着如今的剑士一脉，以对抗三教共十二位圣人，李扶摇身负大仇，在小国小镇说书为生，去剑山，去妖土，去佛土，在报仇之后，这才明白，整个人间都有一个巨大的骗局，为何六千年前剑士一脉会开始衰落，为何这六千年来，以及六千年前的圣人剑仙们都求不得长生？朝青秋为什么假死留在人间？佛土那盏灯笼到底是什么？妖土的那条龙又是不是天外来客？天外到底有什么？这些东西，都随着李扶摇的不断成长，一步步都被揭开。
1999年，由于数码世界资料异常增生，导致数码世界和现实世界的连接发生紊乱。地球上相应地出现奇怪的自然现象：东南亚没有下雨，池塘全部干涸；中东却因为连场大雨发生洪水；美国则遇到有史以来最寒冷的冬天。11岁的少年八神太一（藤田淑子 配音），和伙伴石田大和（风间勇刀 配音）、武之内空（水谷优子 配音）、泉光子郎（天神有海 配音）、太刀川美美（前田爱 配音）、城户丈（菊池正美 配音）、高石武（小西寛子 配音）一起参加了夏令营，一次意外却被神秘地送到了一个多彩的数码世界。在那里，他们得到了叫做“数码宝贝”的搭档。进入数码世界后，八神太一一行人遇到了凶恶的怪兽贝壳兽，眼看大家都要被抓住的时候，太一的亚古兽忽然进化成为暴龙兽，拯救了他们。进化到底是怎么回事情？数码世界究竟是什么？无数的谜团出现在被召选的小朋友们面前，精彩的冒险就这样开始了
进到宝石盒子里的叶罗丽战士们能打破记忆封印吗？浮云楼仙境银行里有什么秘密？被困在镜中世界的金王子，齐娜、菲灵、莫纱、荒石，又会如何呢？火领主自由了吗？辛灵仙子会复活吗？又会发生什么新的奇遇呢？黑衣人到底是谁？女王的真实目的是什么？灵公主为什么囚禁火领主？人类世界会和平吗？
