自公元2001年，况天佑（尹天照饰）、马小玲（万绮雯饰）和他们的一班好友成功阻止女娲灭世危机后，世人度过了三年和平的日子。然而世上最后一个女神瑶池圣母（陈炜饰）为了重投人王伏羲（郑浩南饰)的怀抱，竟以红雪病毒将整个盘古灭族。天佑更是身受病毒之苦，小玲因而回到宋朝，寻找天佑前世。为了拯救生死未卜的天佑，小玲孤注一掷地踏上了征程。当天佑出现与小玲重逢时，命运却再次捉弄世人。圣母、人王二人因为命运与憎恨决定开战，马小玲、况天佑又再次肩负起救世的重任。
随着MPU搬入新办公室，新任主管霍利斯·布劳恩督察也随之上任，此时接到报警电话，称一辆载满学生的城市巴士在校外旅行中失踪。小组利用一位曾试图阻止绑架的父亲的线索展开调查，同时杰森也联系了一位老同事寻求帮助。
宇文峰（郑少秋 饰）出身武当，勤学苦练，身手了得，学成下山后，宇文峰受到了当时最大的兵器工厂唐门的赏识，门主更是将女儿唐碧（汪明荃 饰）许配他。哪知道唐门突遭不幸，被诬陷勾结外族，落得满门抄斩的下场，而宇文峰则被打入大牢，即将问斩。太监张诚（陈鸿烈 饰）欣赏宇文峰的身手为人，以替他卖命作为条件，救下了宇文峰。
