第二部里，张大勇（陶大宇饰）与李忠义这对默契排档继续与狡猾凶狠的罪犯斗智斗勇。感情方面，大勇与高婕（郭可盈饰）成为斗嘴情侣，感情稳定增长。新来的女警员蓝嘉文（郭霭明饰）单纯善良，暗恋大勇并主动示爱。令大勇和高婕的问题出现新的危机。此时，高婕发现嘉文过去曾在外国因为三角恋而放火杀人，正当要揭发这一段过去时，高婕的朋友离奇被杀。嘉文对过去的矢口否认也不像假装，大勇与高婕的误会加剧，事情的真相扑朔迷离。
继续展现ICAC如何锲而不舍，打击层出不穷的贪污舞弊罪行，不让繁荣稳定的香港因一小撮人而负上沉重的代价。《廉政行动二○○四》分为五个单元剧，分别是由贩卖外国护照改编的“终极斗智”、由解款车走私案改编的“不一样的赌注”、改编自首宗因身为公职人员行为不当而犯罪的“以权谋私”、廉署同一时间调查两宗涉及税务贪污案件的“猎户天龙”，以及综合所有公营房屋短桩案而成的“短桩”。
