一场突如其来的神秘爆炸摧毁了X学院，X教授与Jean Gray失踪。镭射眼因此而意志消沉，领队的责任落在了野性的金刚狼的肩上。除了万磁王等一干强大敌人，金刚狼的过去也如幽魂般困扰着他。20年后，X教授从昏迷中醒来，看到的是一幅末日景象：巨大的机器人统治了世界，人类与变种人都濒临灭绝。X教授借助脑波机向现代的X战警传达指示：改变未来，拯救世界！ 事件的背后隐藏着怎样的真相？ 不请自来的白皇后又有何目的？ 金刚狼能否率领X战警力挽狂澜？
在不知情的情况下将位高权重的小皇叔始乱终弃了怎么办？两年前，小周朝公主裘星辰偶遇外出云游大邺朝小皇叔燕玄，将其骗身又骗心，两年后，她落入对方的网……只看到不苟言笑，一副生人勿近的模样的燕玄勾了勾手指，冷笑道：想跑？晚了！套路本王，是要付出代价的。
动画舞台设定在1999年、14岁的明智安娜从2027年穿越回1999年的真未来市、在那里她结识了同为14岁、憧憬成为名侦探的少女小林未来、两人目睹了幻影怪盗团夺走人们珍贵之物、令众人陷入困扰的情景后决定挺身而出，变身为名侦探光之美少女。
从前有位“光之巨人”，他负责保卫世界和平，对抗巨型怪物和外星人入侵的威胁。他就是机动奥特曼。他曾在执行任务时与科学考察队员早田进建立起联系，并在使命完成后离开了地球。时至今日，人类已进入了繁荣时代，但这只不过是和平的假象...现在，世界再次需要“光之巨人”的力量。就在这时，一个新的英雄出现了，他继承了光的基因。但是他并不高大，是一名中等身材、多愁善感的高中生，穿着金属动力制服。他的名字叫早田进次郎，是初代机动奥特曼早田进的儿子。早田进次郎克服种种困难成为新一代机动奥特曼，一个新的故事就此展开。
克雷格·威廉姆斯是镇上一个害羞的新来的孩子。他不知道，他很快就会踏上他梦寐以求的最大冒险之旅：藏宝图、海盗船，以及一个想要摧毁小溪的恶棍。
