一场突如其来的神秘爆炸摧毁了X学院，X教授与Jean Gray失踪。镭射眼因此而意志消沉，领队的责任落在了野性的金刚狼的肩上。除了万磁王等一干强大敌人，金刚狼的过去也如幽魂般困扰着他。20年后，X教授从昏迷中醒来，看到的是一幅末日景象：巨大的机器人统治了世界，人类与变种人都濒临灭绝。X教授借助脑波机向现代的X战警传达指示：改变未来，拯救世界！ 事件的背后隐藏着怎样的真相？ 不请自来的白皇后又有何目的？ 金刚狼能否率领X战警力挽狂澜？
在与世界隔绝的博尼湾岛上，天才少女小珍与她的冒险家爷爷和一群恐龙们一起和睦的生活在这里，建造了最尖端的城市“恐龙小镇”。可是在恐龙小镇上其实还生活着另一个人，那就是坏蛋科学家阿麦。他为了捉到恐
本来只存于游戏世界的妖魔突然在现实世界降临，资深玩家顾青山与最终 boss 同归于尽后，穿越回到末日尚未开始之时，利用战神系统与各种末日灾难、妖魔、邪恶势力展开激烈战斗的故事
