《谁家的孩子》第二季延续第一季的故事，孩子们都长大了一岁，仍然是一群快乐的小学生。急公好义的夏子鹏，调皮捣蛋的邱阳，聪明伶俐的诗琪，古灵精怪的雪灵，还有品学兼优的表哥璨彬。新的学年，他们身边多了一群新的朋友，机灵鬼文辉，小不点天天，新班长小蔓，开心果安安，他们的学习和生活依然是丰富多彩，他们的家长依然是爱恨交加。他们自我的意识在苏醒，开心和烦恼敲打着他们的心窗，身边的世界开始展示出更多更复杂的层面，他们继续享受着快乐的童年，收获着身心的成长，也经历着磕碰和摔打。
东京地检城西支部，川尻健三郎（松重丰 饰）、田村雅史（杉本哲太 饰）、马场礼子（吉田羊 饰）、宇野大介（滨田岳 饰）等性格各异的检察官插科打诨，玩笑斗嘴，日复一日过着波澜不惊的公务员生活。美貌动人而踌躇满志的麻木千佳（北川景子 饰）这天从上司处得知，她将为某位新来的检察官担任事务官，谁知来者正是当年从城西支部调走的久利生公平（木村拓哉 饰）。与一身正装且郑重其事的麻木不同的是，公平穿着休闲，态度懒散，而且对待检举的态度也和麻木格格不入。 但任凭时光怎样流转，公平还是当年那个公平，他一定要用自己的双眼确认真相，宁可放走坏人也绝不冤枉一个好人。记忆中的律政英雄，强势回归！
日寇即将进入砚石镇前，镇长周大马安排子女和三姨太撤退，自己则留下来拼死抵抗日寇。周大马把一份金矿的地图分成四份给自己的孩子和三姨太一人一份，意图使他们能够互相扶持共度难关。不想，这些人在撤退途中遭遇炸弹，二女儿周天被当场炸死，其余人则走散。
娱乐公司总监的海灿海归回国，因巧合认识了老师雨彤，发现她手上的疤痕，发现她可能是自己一直要找的儿时玩伴，于是接近雨彤。而雨彤其实具有另两重人格，一种擅长拳脚功夫的阿健，另一种是美艳动人雷凯莉，因跳舞视频和海灿的好友毛峰导演走在了一起。偶然间，海灿发现雨彤就是自己要找的人，并得知她的多重人格。通过进一步接触，得知雨彤是在领养家庭里被养母虐待致病。从此海灿日日守护，两人恋爱，而在海灿前女友的多重打击下，雨彤决定离开海灿。此时，雷凯莉趁虚而入，夺下了身体的主控权，逐渐走红，海灿想要雨彤回到身边，却遭遇车祸，忘记了雨彤，误以为自己跟前女友复合。周围人的关心唤醒了雨彤，雨彤变身成阿健，打醒海灿，海灿回到雨彤身边，帮助雨彤治疗，治愈了雨彤内心的伤痛，两人不离不弃，赢得幸福人生
