小咖带领神奇的咖宝伙伴再次出发，一起守护时空。在这一季中，来自宇宙的外星人们带来全新的危机与挑战，它们偷走红色制造城市大乱、吸收海水严重影响生态、抢夺动物危害自然生命，还为了得到黄金而夺走人类的各种资源，甚至还与捣蛋兄妹结盟四处作乱，小咖和咖宝们每一次都果断出击，化解各种危机，他们又回到过去拯救远古生命、维护时空稳定，对付偷猎者、盗窃集团、诈骗分子和黑心商人，以及守护人们、动物们的安全和快乐，时刻保卫身边世界的和平与安宁。
更衣小夜是私立三荆学园的高中二年级学生，虽然平常和同学们一起过着普通的学园生活。但是另一方面，她还要接受父亲的命令完成某项“任务”。那就是狩猎被称为“古物”，拥有远超过人类力量，并且以人类为食的东西。小夜作为唯一可以打到“古物”的人，为了守护他人、为了自己最喜欢的父亲，使用浮岛神社传承下来的御神刀独自战斗着。
